À l’image de nombreux fleuves d’Europe, la fonctionnalité hydromorphologique du Rhin a été fortement impactée par une succession d’aménagements. Le Rhin Supérieur méridional, de Bâle à Iffezheim, correspond au tronçon le plus anthropisé. En rive française, plus de 80% des milieux riverains et des zones humides caractéristiques de cet hydrosystème ont disparu au profit d’espaces urbains, agricoles et portuaires. Des lambeaux de forêts alluviales typiques subsistent de façon sporadique le long de la bande rhénane.