Les émissions naturelles de CH4 provenant des lacs représentent une source de GES pour l’atmosphère dont l’ampleur passée, présente et future est toujours fort incertaine. Cette incertitude vient, entre autres, de la difficulté d’estimer dans quelle proportion le méthane produit sera émis directement ou d’abord oxydée en CO2. Nous proposons une modélisation biogéochimique couplée à un modèle physique 1-D pour évaluer comment la production de méthane se partitionne entre flux diffusif et ébullitif dans différents contextes limnologiques, incluant le statut trophique, l’hypsométrie du plan d’eau ainsi que la stratification thermique. Confrontée à des données provenant de différents écosystèmes aquatiques français, cette modélisation permet également d’estimer les principaux paramètres du modèle en particulier le taux de production du méthane dans les sédiments ainsi que le flux à l’interface eau-sédiments.