Résumé : Les estuaires conditionnent le transfert des substances naturelles et anthropogéniques (matière organique (MO), contaminants et nutriments) du milieu continental au milieu océanique. Etudier la nature et les caractéristiques de la MO est indispensable afin de mieux comprendre son influence sur la qualité de l’eau et, plus précisément, sur la dynamique des contaminants et des nutriments lors de leur transit dans l’estuaire. L’objectif de cette thèse est de déterminer les sources, la réactivité et le devenir de la MO dans l’estuaire de Seine, soumis à une forte pression anthropique, et d’étudier l’impact des variations qualitatives et quantitatives de la MO le long de l’estuaire sur la qualité de l’eau. Pour ce faire, les caractéristiques globales et moléculaires de la MO seront déterminées le long des continuums sol-eau-sédiment et eaux douces-eaux salées de l’estuaire de Seine. Nous étudierons également la nature des interactions entre la MO et deux classes majeures de contaminants organiques (hydrocarbures aromatiques polycycliques et substances pharmaceutiques). En parallèle à cette thèse, l’influence des modifications qualitatives et quantitatives de la MO sur la dynamique des nutriments en estuaire de Seine sera examinée. Ce projet permettra d’évaluer la capacité d’autoépuration de l’estuaire de Seine.